Sekolah Menengah Agama Faqiah Daimiah telah diasaskan oleh mudir pertama Allahyarham Ustaz Haji Ramli Bin Ahmad pada tahun 1375 Hijrah/1955 Masihi bertempat di lot 173 mukim 4. Beliau telah berkhidmat selama 3 tahun.
Pada 1 ogos 1962, Allahyarham Ustaz Haji Muhammad Bin Man telah dilantik sebagai Mudir kedua. Beliau telah berkhidmat selama 42 tahun. Sepanjang tempoh tersebut, beliau telah memperolehi bantuan daripada Kerajaan Pusat di mana peruntukan bagi setiap murid sebanyak RM 10 setahun.
Dua kelas muslimin dan muslimat dibuka pada awal penubuhan dengan jumlah murid hanya 80 orang sahaja. Pakej peperiksaan dibuka untuk Akademik dan Diniah iaitu PMR, SMRA, SPM, 4 THANAWI dan STAM untuk para pelajar melanjutkan pelajaran ke peringkat tertinggi. Jumlah para pelajar telah meningkat dari semasa ke semasa.
Pada tahun 2006, dengan Persatuan Jemaah Pengurusan dan juga Majlis Mesyuarat Guru-guru Sekolah telah sebulat suara bersetuju untuk melantik Ustaz Haji NorHisyam Bin Mahmud sebagai Mudir baru Sekolah Menengah Agama Faqiah Daimiah.
Langkah pertama yang telah dicorak oleh pihak sekolah adalah kejayaan mendapatkan status Sekolah Agama Bantuan Kerajaan ( SABK ) dengan matlamat untuk melahirkan anak-anak didik seiring dengan keperluan semasa yang selari dengan FALSAFAH,VISI dan MISI sekolah
